四十年前，李美松（王洪光 饰）当上了家乡的护林员。美丽的村姑爱上了看上去又憨又傻的护林员李美松，精明霸气的青年张雄（刘景范 饰）感到愤愤不平。李美松几十年如一日，拿着微薄的工资，守护着这片山林，跟张雄等想毁林发财的人做着各种斗争。进入老年的李美松和张雄仍然明争暗斗，恶势力看似在表面上占了上风，但最终张雄的淫威仍屈服在李美松的凌然正气前面。而李美松的宽容与大度，也彻底化解了张雄数十年的积怨，使他再出狱后成为了一名企业家，并且分享着森林给予的恩惠。
《疙瘩爷爷》由发生在重庆巫山地区的真实故事改编而成，其中李美松的原型叫李美成，2007年被评为“感动重庆十大人物”。从1966年开始，李美成开始守护当地的500亩山林，10000余株古树，从24岁一直守到60多岁，默默无闻，40年的总收入只有3100元。在他的守护下，山林被完好保存下来。这个小人物的故事经媒体报道后，立即引起广泛关注，多个部门给予李美成奖励。《疙瘩爷爷》由李美成的故事改编而成，借以向这位坚守承诺四十余年的小人物致敬。而本片也是资深制片人、导演齐为民在《考试》、《夏天有风吹过》、《道歉》以及《派饭》等教育题材影片之后，首次转型，尝试小人物题材。
影片大部分以主人公李美松的对立面，存心想砍树发财的村民张雄的视角来进行叙述的。在张雄的眼中，李美松是一个又傻又倔，还不懂得人情世故的笨蛋。但就是这样的人，却让他彻底屈服了。用张雄的话说，“我把他打成残废，他把我送进监狱，我却不得不佩服他。”坏人、恶人在正义和真理的力量面前低头，这也把主人公的人格力量更充分地展示了出来。《疙瘩爷爷》的故事发生地在长江三峡边上的巫山，全片通篇笼罩在苍翠欲滴的青山、峡谷、碧水、丛林之间，水的秀美和山的刚毅，林木的挺拔和人性的敦厚，也传达着人与自然和谐相处之美。